Stéphane Rials a été membre, à partir de 1980, puis Directeur, de 1993 à 1998, du Centre de philosophie du droit de Paris II (CNRS, Unité de recherche associée 956). Puis il a fondé en 1998 et présidé jusqu'à la fin de 2006 l’Institut Michel Villey pour la Culture juridique et la Philosophie du droit (toujours à Paris II).

Il a fondé en 2007 Dogma. Institut pour l’étude des disciplines dogmatiques et l’histoire générale des formes qu'il dirige. Cette création a été rendue possible par la dotation personnelle dont il a la disposition dans le cadre de sa chaire « Interprétation et droit » de l’Institut universitaire de France et grâce aussi à l'aide de l’Institut Cujas et à l'appui du professeur Vogel, président de l'Université Paris 2.

En 2008, il est devenu président de l’Institut Cujas. Fédération pour la recherche en droit public interne et en science politique de l’Université Paris II.

Il a fondé en 1984 la Société pour l’histoire des Facultés de droit et de la Science juridique dont il a été le secrétaire général de 1984 à 1989. Il est devenu président de cette société en 2004. Il dirige ses publications. La Société édite la Revue d'histoire des Facultés de droit et de la Science juridique (28 livraisons parues). Elle est devenue en 2007 Société pour l’histoire des facultés de droit et de la culture juridique, du monde des juristes et du livre juridique.

Il a dirigé, de 1994 à 1996, le Diplôme d’études approfondies de Sociologie du droit de l’Université Paris II. Puis il a dirigé, de 1999 à 2005, le Diplôme d’études approfondies de Philosophie du droit dans le même établissement. Il a fondé en 2005, puis dirigé de la rentrée 2005 à la rentrée 2006, le Master de niveau 2 de Philosophie du droit et de Droit politique de la même université. Il y enseigne toujours.

Il a été membre du Conseil de l’Ecole doctorale d’Histoire, Philosophie, Sociologie du droit et droit du Procès, à Paris II, depuis sa création jusqu’en 2006 ; il a dirigé cette Ecole de 2004 à 2006. Il est depuis 2007 membre de l'Ecole doctorale de Droit public et Science politique.

Il fut membre notamment du premier jury du concours externe de l’Ecole Nationale d'Administration en 1981.

Il a été et demeure membre du Conseil scientifique de l'Université Paris II (1988-1993 et de 1997 à 1999 ; réélu en janvier 2005 puis en mars 2008). Membre de la Commission de spécialistes de droit public jusqu’en 1999 (membre élu en 1998 et 1999), membre du Conseil d’U.F.R. de 2e cycle (de 1997 à 2001), puis de 3e cycle (depuis 2001), directeur du Conseil de l'U.F.R. de IIe et IIIe cycles de droit et science politique de Paris II depuis avril 2009, il a aussi été “Expert” près la Direction de la recherche du Ministère de l'Education de 1988 à 1991, et membre de la Commission “Philosophie” du Centre national des Lettres de 1991 à 1993.

Nommé membre du Haut Conseil de l’Education sur la proposition de Monsieur Jean-Louis Debré, alors président de l'Assemblée Nationale, en mars 2007, il a démissionné de cette fonction au début de juin 2007. Il a été conduit à cette démission à la suite de sensibles désaccords de méthode et de fond rendus insolubles du fait d'une divergence d'interprétation entre la majorité des membres et lui-même sur le sens de la procédure légalement instituée pour l'adoption des rapports de ce collège.